日本では工場で生産される豆腐製造業者もありますが、製造業者に中小企業や個人商店も多くいます。これは「豆腐製造が微妙な技術を要すること、長期保存ができないなど、豆腐の特性が関係していると思われます」（全豆連ホームページより引用）。
また中小企業側は中小企業事業分野調整法により、大企業が進出しようとする場合、都道府県知事を通じて経済産業大臣に調整（進出計画の撤退、縮小）の申し出をすることができます。そのため、当初大手メーカーは海外市場で販売を行っていました。しかし、包装技術の向上（真空充填、チルドなど）により長期保存、大量輸送が可能となり、また流通構造が大きく変化した現在では牛乳販売店などの宅配網や、インターネット等を中心に販売しています。また一部ではチルド製品を店頭販売している業者もあります。
一方、中小企業を中心とする従来の店頭販売では、スーパーやコンビニ事業者の価格決定権が強く特売が当たり前になってしまい、特売が希望小売価格状態になってしまって経営を圧迫しています。さらに、原料である大豆はそのほとんどを米国に依存していますが、原料である非遺伝子組み換え大豆生産量はアメリカにおける生産数の一割以下であり、遺伝子組み換え価格の約3倍の価格もします。また、米国のエネルギー安全保障政策でバイオ燃料作物への転作が進み急激な高騰や、包装等の資材の原油価格高騰による原材料費高騰も経営を圧迫しています。また、製造工程から出てくるおからは法的には産業廃棄物扱いであり、男前豆腐店の事件など不法投棄や処分費問題をかかえています。